Η Μονή Αρκαδίου βρίσκεται περίπου 20 χιλιόμετρα μακριά από την Πόλη του Ρεθύμνου. Μοναστήρι από τον 12 αιώνα χτισμένο πάνω σε ένα οροπέδιο δυτικά του Ψηλορείτη.
Όλα ξεκίνησαν τέλος του Σεπτέμβρη όταν έρχεται στην Κρήτη ο Πάνος Κορωναίος, συνταγματάρχης του Ελληνικού στρατού με μικρό σώμα εθελοντών από την ελεύθερη Ελλάδα. Στο Αρκάδι ανακηρύσσεται Γενικός Αρχηγός Ρεθύμνου. Μη αναμένοντας βοήθεια από πουθενά, οι Κρητικοί αποφάσισαν να ξεσηκωθούν και ύψωσαν τη σημαία της Επανάστασης στις 21 Αυγούστου 1866, με το σύνθημα «Ένωσις ή Θάνατος» και αρχηγούς τον Ιωάννη Ζυμβρακάκη στα Χανιά, τον Ελλαδίτη συνταγματάρχη Πάνο Κορωναίο στο Ρέθυμνο και τον Μιχαήλ Κόρακα στο Ηράκλειο. Στην Ελλάδα συγκροτήθηκαν εθελοντικές ομάδες, που βοήθησαν τους Κρητικούς, με χρήματα, τρόφιμα και άλλα εφόδια.
Ο Σουλτάνος θορυβήθηκε από την εξέγερση και έστειλε στις 30 Αυγούστου 1866 τον Μουσταφά Ναϊλή Πασά, με εντολή να την καταστείλει. Ο στρατός του Μουσταφά Πασά, περίπου 22.000 άνδρες άτακτοι και τακτικοί Τούρκοι και Αιγύπτιοι με 30 ελαφριά κανόνια εμφανίστηκε στο Αρκάδι ξημερώματα της 8 Νοεμβρίου 1866
Μέσα στο μοναστήρι υπήρχαν 964 ψυχές, 325 άνδρες από τους οποίους 259 με όπλα, περίπου 40 ήταν μοναχοί και τα υπόλοιπα γυναικόπαιδα.
«Ήρωες Κρήτες, καταδυναστευόμενοι της σήμερον εστέ αι νικηταί του μέλλοντος. Εγκαρτερείτε. Και καταπνιγέντες θριαμβεύσατε.»
Βίκτωρ Ουγκώ
Στη μπαρουταποθήκη της μονής γράφτηκε η τελευταία πράξη του δράματος και μία ακόμα ένδοξη σελίδα της Ελληνικής ιστορίας. Ο Κωστής Γιαμπουδάκης ή κατ’ άλλους ο Εμμανουήλ Σκουλάς ή ο Δράκος Ντελής την ανατίναξε, σκορπίζοντας το θάνατο, όχι μόνο στους χριστιανούς, αλλά και στους εισβολείς.
Μετά την καταστροφή του, το 1866, το μοναστήρι ανοικοδομήθηκε πλήρως και αναστηλώθηκε στην πρότερή του μορφή. Μόνο ένα μισοκαμένο τέμπλο στα αριστερά της Αγίας Τράπεζας και μια μπάλα κανονιού σφηνωμένη στο αιωνόβιο κυπαρίσσι στα δεξιά στης εκκλησίας μαρτυρούν το αίμα που χύθηκε πριν από 155 χρόνια!